Важным направлением образовательной и научно-исследовательской деятельности Международной высшей школы медицины является развитие магистратуры как второго уровня высшего образования. В соответствии с требованиями государственных образовательных стандартов Кыргызской Республики, в 2021 году начато осуществление программы магистратуры по направлению/специальности “Общественное здравоохранение”.
В отличие от программы бакалавриата, программа подготовки магистров включает в себя научно-исследовательскую работу, выполнение магистерской диссертации и проведение научно-педагогической, научно - исследовательский практики.

Содержание образовательных магистерских программ соответствует требованиям государственных образовательных стандартов высшего образования Кыргызской Республики. По завершению обучения выпускники получают дипломы КР государственного образца. Общее руководство магистерской подготовкой в МШВМ является прерогативой отдела последипломного обучения, в то время как руководство конкретными магистерскими программами осуществляют научные руководители – ведущие ученые, доктора наук и профессора. В отличие от бакалавриата, в магистратуре существенная роль отведена самостоятельной работе студента - выполнение множества трудоемких самостоятельных заданий, научно-исследовательская работа в семестре, выполнение магистерской диссертации, а также прохождение научно-педагогической практики.